Малоросійська колегія була в планах Петра ще задовго до її створення в 1722 році, вона була в планах ще з 1717-1718 років. ЇЇ створення вписувалось в загальноімперську колегіальну реформу (було створено 12 колегій), яка впроваджувалась ще з 1717 року (ще за Скоропадського), за якою замість приказів (раніше діяла приказна система, вона передувала колегіальній, але функції схожі). Наприклад, в зносинах з Б. Хмельницьким був задіяний посольський приказ, а пізніше створений і малоросійський приказ, який мав займатись питанням відносин з гетьманом і населенням Малоросії, при тому він був лише придатком посольського. Проблема малоросійського приказу була в тому, що він знаходився в Москві, що не надто влаштовувало Петра І, який реформував управління державою на засадах камералізму, на кшталт шведської моделі, якою він надихався. Основою цього було створення якісного бюрократичного апарату на місцях, контроль за територіями імперії і найголовніше, контролювання податків з метою акумуляції грошових ресурсів в державі, аби вони не розпорошувались. Відповідно, більш ефективне управління передбачало створення адміністративного органу на місцях, яким і стала Малоросійська Колегія, яка базувалась в Глухові. Після ліквідації приказів ведення її справ перейняла Колегія Іноземних справ, на базі якої в 1722 році створився подібний придаток – Малоросійська колегія.
Обгрунтовував Петро І створення колегії тим, що у козаків все погано з судочинством (не ефективне і народ жаліється), аргументи Петро будував на листах/обговореннях/коментарях до Березневих статей, де йшла мова про те, що в тому разі, якщо судочинство в Гетьманщині є несправедливим, то щоб звертались до царя і він вже вирішить, що робити.
Президентом був обраний Степан Вельямінов, складалась колегія із 6 штабних офіцерів (козацька та російська старшина). Завдання колегії – приймати скарги населення на несправедливі суди, фіксація порушень в роботі військових, сотенних, генеральних канцелярій, слідкування за податками, проведення виплат, ведення видаткових та податкових книг, власної канцелярії, нагляд за розподілом військових постоїв, таким чином, в умовах «безгетьманства», колегія стала головним апеляційним органом. Гетьмана при тому, цілком могли обрати, пропоновані кандидати від козаків були (зокрема Полуботок), але Петро І нікого не затвердив, і жили вони недовго і щасливо без гетьмана (з 1722 року (смерті Скоропадського) до 1727 (скасування колегії і гетьманства Апостола).
Хоча створення колегії і провадилось в рамках загальної реформи, мала вона і свої особливості: для колегій був створений Генеральний регламент, тобто кожна з створених колегій мала свій визначений відомий регламент, але малорос. Колегія функціонувала згідно з спеціальними інструкціями Вельямінову, які мали бути відомими тільки йому. Загалом, брали за взірець Генеральний регламент та регламент адміралтейської колегії, але оці особливі інструкції у голови мали більшу вагу, і відповідно, не така вже колегія і колегіальна:)
Звичайно, старшина у цьому всьому вбачала посягання на власні права (судочинство, податки і тд.), але скасування колегії сталось вже після смерті Петра І, коли регентом Петра ІІ був О. Меншиков, який і ініціює скасування. До причин скасування можна віднести як те, що гостро стояла військова загроза (турецькі війни), і тре було залучитись лояльністю ВЗ, так і те, що Меншиков (який, парадоксально, був поборником Петрівських реформ) мав багато маєтків на території Малоросії, і колегія вже дістала качати податки.
Після розпуску колегії в 1727 році з’являється можливість для обрання гетьмана, обирають Данила Апостола.
Загалом, цей орган справжня бюрократична машина, яка перейняла на себе багато адміністративних функцій, і при цьому лізла куди тільки можна, все документуючи і зберігаючи, аби було до чого докопатись потім.
